برای حمایت از تولید علم و فناوری، دولت از طریق سازوکارهای مختلفی، مزایا و تسهیلاتی را برای فعالان این حوزه در نظر گرفته است. یکی از این راهکارها، شرکت‌های دانش‌بنیان هستند. در خصوص این نوع شرکت‌ها باید دقت داشته باشیم ما شرکتی تحت عنوان دانش‌بنیان نداریم، بلکه می‌بایست ابتدا شخص حقوقی مدنظر را در قالب‌های قانونی مشخص ثبت کنیم.
به بیان دیگر، گام نخست آن است که یک شرکت را در اداره ثبت شرکت‌ها به ثبت برسانیم. مثل شرکت با‌مسئولیت‌محدود، یا نسبی و یا هر قالب شرکتی که مد‌نظرمان است. در گام بعدی از طریق معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری و با طی فرایند‌های لازم، لیبل دانش‌بنیان را برای شرکت خود ثبت کنیم و جزو شرکت‌های دانش‌بنیان محسوب شویم. در نتیجه به این نکته توجه داشته باشیم که هیچ‌گاه نمی‌توانیم یک شرکت دانش‌بنیان ثبت کنیم. دانش‌بنیان‌بودن ویژگی و تاییدیه‌ای است که معاونت ریاست جمهوری به شرکت‌ها و موسسات واجد شرایط اعطا می‌کند. در بحث شرکت‌های دانش‌بنیان ابهاماتی مطرح می‌شود که در ادامه این متن با توجه به نظرات کارگروه ارزیابی و تشخیص صلاحیت شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان، به پاسخگویی آنها می‌پردازیم:
اگر محصول شرکت در فهرست کالا یا خدماتی دانش‌بنیان باشد اما هنوز به مرحله تولید نرسیده و صرفا در حد طرح و مستندات باشد، امکان ثبت درخواست دانش‌بنیان وجود ندارد. شرکت‌های نوپا باید کالاها و خدمات دانش‌بنیان را حداقل در حد نمونه آزمایشگاهی (با هدف تولید و فروش) ساخته و ارائه کنند.
برخی شرکت‌های صنعتی و بزرگ وجود دارند که با توجه به موضوع فعالیت خود، معیارهای شرکت‌های دانش‌بنیان را ندارند، اما تمایل دارند که به نحوی در فهرست شرکت‌های دانش‌بنیان قرار بگیرند. راهکار آن است که با تبدیل واحد تحقیق و توسعه (R&D) خود به یک شرکت مستقل در صورتی که در راستای فهرست کالاهای دانش‌بنیان اعلام شده توسط کارگروه فعالیت کنند، به صورت مجزا در سامانه ثبت‌نام کرده و فرآیند ارزیابی را همانند دیگر شرکت‌ها پیش ببرند.
برخی بر این باورند که تمامی شرکت‌های مستقر در مراکز رشد و یا پارک‌های علم و فناوری جزو شرکت‌های دانش‌بنیان بوده و از مزایای مرتبط با آنها بهره‌مند هستند. اما چنین تصوری صحیح نیست، بلکه تمامی این شرکت‌ها بایستی همانند سایرین در سامانه ثبت‌نام کرده و مراحل ارزیابی را طی کنند.
درج عنوان دانش‌بنیان در نام ثبتی شرکت و یا اساسنامه آن، هیچ حق اولویت و یا مزیتی جهت بهره‌مندی شرکت از تسهیلات شرکت‌های دانش‌بنیان ایجاد نمی‌کند. در نتیجه لازم است همه شركت‌هاي متقاضي حمايت‌ها، اطلاعات خود را در اين سامانه وارد كرده و بر اساس اين فرايندها ارزيابي شوند تا درصورت وجود شرایط لازم، امکان بهره‌مندی از مزایا برای ایشان ایجاد شود.
همچنین باید دانست که امکان ثبت‌نام اشخاص حقیقی (افراد) در سامانه وجود ندارد. به بیان دیگر، لازم است فرد ابتدا به صورت حقوقی شرکت یا موسسه‌ای را در اداره ثبت شرکت‌ها به ثبت برساند و بعد از اخذ شناسه ملی شرکت نسبت به ثبت‌نام شرکت در سامانه شرکت‌های دانش‌بنیان جهت ارزیابی اقدام کند. در صورت تمایل به ثبت‌نام شرکت یا موسسه خود در فهرست شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان، در ابتدا شرکت می‌بایست به سایت www.daneshbonyan.ir مراجعه کرده و پس از مطالعه آیین‌نامه‌ها و قوانین و در صورت دارا‌بودن شرایط مندرج در آیین‌نامه در قسمت «مصوبات کارگروه ارزیابی و تشخیص صلاحیت شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان و نظارت بر اجرا»، در سامانه ارزیابی شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان reg.daneshbonyan.ir ثبت‌نام کنند.